К сожалению, пятна никуда не исчезнут. Но новые пятна при надлежащем уходе не должны появляться.
Но... Вы посадили шеффлеру в слишком большой горшок, грунт не содержит разрыхлителей. В большом горшке в плотном грунте залить растение очень легко.
Размер горшка всегда должен соответствовать размеру корневой системы, а новый горшок при пересадке можно увеличивать в диаметре не больше, чем на 2-3 см.
И, насколько можно судить по фото, растение слишком глубоко закопано. Корневая шейка должна располагаться на уровне поверхности грунта.