Сеянцы должны расти в маленьких одноразовых стаканчиках, а не в горшках.
Изначально посадив сеянцы в слишком большие горшки, Вы простимулировали рост корневой системы. А затем обрезаете корни.
Зачем? Растения очень болезненно относятся к потере корней.
Невозможно пойти против природы и заставить растение остановиться в росте. Разве что совсем уморить его.
Стол станет толще с возрастом. А вытянулся он из-за недостаточного освещения. Длинные междоузлия свидетельствуют об этом. Гранату нужно много света.
Сеянцам всего 4-5 месяцев. Они выглядят соответственно своему возрасту. Придёт срок, растения подрастут и ствол станет более толстым. Всему своё время.