По фото не очень понятно, но по-моему, корни бежевого цвета гниют.
И основание ствола мне не нравится, кора начала отслаиваться. Нужно срезать до полностью здоровых зелёных тканей и переукоренять заново.
Свои ошибки Вы знаете. В стакане для укоренения обязательно должны быть дренажные отверстия и субстрат должен быть умеренно влажным.
Если он мокрый, то не поливать! Поскольку укореняемый черенок находится в тепличке в условиях повышенной влажности, то субстрат просыхать будет долго и полив будет редким.